中国古代五大玄学秘术体系山、医、命、卜、相中，茅山法术属于仙之一脉的秘术，是将自然力量仪式化和神秘化之后的产物，是道教所衍生出的一种实用性的方法。祝由术则是医道的一种秘术，这种秘术据说也有念咒做法治病救人的功效。
但祝由术和茅山法术在治病救人的方法论上，有着根本性的不同。
关于祝由术的由来，据说起源于远古三皇五帝时期，当年轩辕黄帝见百姓受到疾病困扰，而那些妖气与邪气趁着人虚弱之际，蚕食人们的魂魄与血肉，使得人类无法走出疾病的困扰，于是，黄帝命手下大臣设“祝由”这一官职。
担任这个官职的人，是一群精通玄学和医术的人，这群人搜集百病的起源，并归纳总结出一套治病救人的方案。
当年黄帝与蚩尤大战之时，九天玄女曾经赐予天地运行的奥秘，这些担任祝由的官员们，就凭借着对于天地大道的体悟与观察，创造出了一套基于玄学理论，并通过实践与推理得到的医道秘术。
据说这种秘术可以通过文字化为符咒，来达到驱除疾病，安神招魂的目的，这种文字符咒，据说当时有一百七十道，这种秘术流传下来，就被称之为祝由术。
后来，中医体系逐渐的建立，实践之中得到的经验又由张仲景、陶弘景、孙思邈、华佗、扁鹊等中国古代医师不断的总结归纳，优化之后，形成了中医理论体系。而祝由术的内容，也被拆开，融入了中医理论体系，其中神秘的秘术在流传之中也就失传了。
直到宋朝之时有节度使受命治理黄河，在清理黄河河道之时，发现了一个刻印着奇异文字的石碑。
这石碑以巨石整体打造，上面刻有五十八个奇异的文字，这些文字虽然字形像是古体汉字，但识字的人却无法理解文字的含义。
众人好奇，于是争相来观看石碑上的古文字，有的人看完之后，神清气爽，精神百倍，身上的一些顽疾和暗伤竟然慢慢的痊愈了。
而有的人看完之后反而一蹶不振，精神萎靡，不久健康的身体也生出了各式各样的怪病。
于是人们啧啧称奇，将这则传闻传给别人听，正巧这有一个深谙玄门数术的张道士外出游历，听闻了此事便冥冥中心有所感，于是来到黄河边上的巨大石碑之前观摩。
看完之后，张道士对一旁的众人说道，
“此上记载的乃是祝由之术，是当年黄帝一百七十个符咒中的五十八种秘术符咒，有移精变气的功效。但用法若不当，反而会产生疾病，待老道我记下来，诸位再将这石碑埋入这黄河之中，以免误伤好人，或被奸诈之人利用。”
于是这张道士就记载下这五十八个文字，又指引众人，将这石碑重新埋入黄河之中。
张道士后来就将这五十八个祝由术的法咒编订成册，注明各个符咒的用法和功效，然后流传后世，祝由术也因此，在失传之后又得以重新流传。